Semakin cepat dan kompleksnya kebutuhan masyarakat terutama pada kualitas pelayanan yang tepat waktu, tepat jumlah dan tepat orang membutuhkan birokrasi yang juga tidak kalah cepat dan responsif. Sehubungan itu Pemerintah Kota Baubau telah membentuk struktur baru SKPD sesuai Perda No. 1 sd 5 Tahun 2008 yang diharapkan dapat memenuhi kebutuhan masyarakat serta sesuai dengan ketentuan perundang-undangan yang berlaku.

Sesuai dengan Perda No. 1 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD dan Staf Ahli Kota Baubau, Perda No. 2 TAHUN 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kota Baubau, Perda No. 3 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah Kota Baubau, Perda No. 4 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan Kota Baubau, Perda No. 5 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja SKPD yang telah dibentuk sebagai berikut :

1. SEKRETARIAT DAERAH
- Bagian Pemerintahan Umum
- Bagian Kesejahteraan Rakyat
- Bagian Kemasyarakatan
- Bagian Administrasi Perekonomian
- Bagian Administrasi Sumber Daya Alam (SDA)
- Bagian Administrasi Pembangunan
- Bagian Hukum
- Bagian Organisasi dan Tata Laksana
- Bagian Umum dan Protokol

2. SEKRETARIAT DEWAN PERWAKILAN RAKYAT DAERAH
- Bagian Umum
- Bagian Persidangan
- Bagian Keuangan

3. DINAS PENDIDIKAN, PEMUDA DAN OLAH RAGA
- Bidang Bina Program
- Bidang Prasekolah dan Pendidikan Dasar
- Bidang SMA dan SMK
- Bidang Pendidikan Luar Sekolah, Pemuda dan Olah Raga

4. DINAS KESEHATAN
- Bidang Penyusunan Program dan Promosi Kesehatan
- Bidang P2 dan Penyehatan Lingkungan Permukiman
- Bidang Kefarmasian dan Regdit Sarana Kesehatan
- Bidang Pelayanan Medis, Kesga, dan Gizi Masyarakat

5. DINAS SOSIAL, TENAGA KERJA, DAN TRANSMIGRASI
- Bidang Sosial
- Bidang Penempatan dan Pelatihan
- Bidang Pengawasan dan Hubungan Industrial
- Bidang Transmigrasi

6. DINAS KEPENDUDUKAN DAN CATATAN SIPIL
- Bidang Bina Pendaftaran
- Bidang Bina Pencatatan
- Bidang Pengolahan Data dan Informasi

7. DINAS PERHUBUNGAN
- Bidang Perhubungan Darat
- Bidang Perhubungan Laut
- Bidang Perhubungan Udara, Pos dan Telekomunikasi

8. DINAS PEKERJAAN UMUM
- Bidang Survey dan Pendataan
- Bidang Cipta Karya
- Bidang Bina Marga

9. DINAS PERINDUSTRIAN, PERDAGANGAN, KOPERASI, USAHA KECIL & MENENGAH
- Bidang Perdagangan
- Bidang Perindustrian
- Bidang Koperasi
- Bidang Usaha Kecil dan Menengah

10. DINAS PENDAPATAN, PENGELOLAAN KEUANGAN DAN ASSET DAERAH
- Bidang Pajak
- Bidang Retribusi dan Pendapatan Lain-lain
- Bidang Anggaran
- Bidang Perbendaharaan dan Verifikasi
- Bidang Akuntansi dan Pelaporan
- Bidang Pengelolaan Asset Daerah

11. DINAS PERTANIAN DAN KEHUTANAN
- Bidang Tanaman Pangan
- Bidang Peternakan
- Bidang Perkebunan
- Bidang Kehutanan
- Bidang Penyuluhan dan Ketahanan Pangan

12. DINAS KEBERSIHAN, PERTAMANAN, PEMAKAMAN DAN PEMADAM KEBAKARAN
- Bidang Kebersihan
- Bidang Pertamanan dan Pemakaman
- Bidang Pemadam Kebakaran

13. DINAS KEBUDAYAAN DAN PARIWISATA
- Bidang Pengembangan dan Produksi Pariwisata
- Bidang Nilai Budaya, Kesenian, Sejarah, dan Purbakala
- Bidang Pemasaran

14. DINAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
- Bidang Penelitian dan Pengembangan
- Bidang Pengawasan Sumberdaya dan Perlindungan Pesisir
- Bidang Produksi
- Bidang Pengolahan dan Pemasaran

15. DINAS PERTAMBANGAN DAN ENERGI
- Bidang Geologi dan Sumberdaya Mineral
- Bidang Pertambangan Umum
- Bidang Energi

16. DINAS TATA KOTA DAN BANGUNAN
- Bidang Penataan Kota
- Bidang Pengawasan
- Bidang Tata Bangunan

17. INSPEKTORAT
- Inspektur Pembantu Bidang pemerintahan dan aparatur
- Inspektur Pembantu Bidang Kemasyarakatan dan Sosial Budaya
- Inspektur Pembantu Bidang Pembangunan dan Ekonomi
- Inspektur Pembantu Bidang Keuangan dan BUMD

18. BADAN PERENCANAAN PEMBANGUNAN DAERAH DAN PENANAMAN MODAL
- Bidang Penelitian dan Pengembangan
- Bidang Fisik dan Prasarana
- Bidang Sosial Budaya
- Bidang Ekonomi
- Bidang Penanaman Modal

19. BADAN PENGENDALIAN DAN DAMPAK LINGKUNGAN DAERAH
- Bidang Analisa Pencegahan Dampak Lingkungan
- Bidang Pengawasan dan Pengendalian
- Bidang Pemntauan dan Pemulihan

20. BADAN KESBANG DAN LINMAS
- Bidang Hubungan Antar Lembaga dan Kesbang
- Bidang Demokratisasi dan Penanganan Masalah Aktual
- Bidang Perlindungan Masyarakat

21. BADAN KEPEGAWAIAN DAN DIKLAT DAERAH
- Bidang Pengadaan dan Mutasi Kepegawaian
- Bidang Pengembangan dan Diklat
- Bidang Dokumentasi dan Informasi Kepegawaian
- Bidang Kedudukan Hukum dan Pensiun

22. BADAN KELUARGA BERENCANA DAN PEMBERDAYAAN PEREMPUAN
- Bidang Keluarga Berencana dan Keluarga Sejahtera
- Bidang Informasi Keluarga dan Analisis Program
- Bidang Pemberdayaan Perempuan

23. BADAN PEMBERDAYAAN MASYRAKAT
- Bidang Penguatan Kelembagaan dan Pengembangan Partisipasi Masyarakat
- Bidang Adat, dan Pengembangan Kehidupan Sosbud Masyarakat
- Bidang Usaha Ekonomi Masyarakat
- Bidang Pengelolaan SDA dan Teknologi Tepat Guna

24. BADAN KOMUNIKASI, INFORMASI DAN PENGOLAHAN DATA
- Bidang Informasi dan Komunikasi
- Bidang Perpustakaan dan Arsip
- Bidang Pengolahan data dan informatika

25. RUMAH SAKIT UMUM DAERAH
- Bidang Rekam Medis
- Bidang Keperawatan
- Bidang Pelayanan

26. KECAMATAN (7 Kecamatan)

- Kecamatan Betoambari
- Kecamatan Murhum
- Kecamatan Wolio

- Kecamatan Kokalukuna
- Kecamatan Sorawolio
- Kecamatan Bungi

- Kecamatan Lea-Lea

27. KANTOR SATUAN POLISI PAMONG PRAJA

28. SEKRETARIAT PELAYANAN TERPADU PERIZINAN