Kegiatan perdagangan yang berlangsung di Kota Baubau mencakup perdagangan berskala lokal dan regional. Komoditas yang diperdagangkan dalam skala lokal mencakup kebutuhan barang primer, sekunder dan tersier atau campuran. Barang yang diperdagangkan dalam skala regional atau nasional bervariasi mulai dari hasil tangkapan ikan laut, perkebunan dan lainnya. Untuk perdagangan skala regional dan nasional Kota Baubau berhubungan dengan Surabaya, Jakarta, Makassar, Irian jaya dan sebagian ke Papua, Maluku, Nusa Tenggara, Kalimantan dan wilayah-wilayah lainnya.

Volume & Nilai Perdagangan antar Pulau menurut Hasil Bumi & Laut Tahun 2009 :

Sumber Data : Badan Pusat Statistik Kota Baubau (2010), Kota Baubau dalam Angka 2010,diolah.

Volume perdagangan antar pulau dari hasil bumi dan laut yang terakumulasi di Kota Baubau sebanyak 12.503,14 Ton dengan nilai Rp 135.679.174.305 perdagangan antar pulau hasil perikanan, dimana total volume perdagangan pada tahun 2009 sebesar 4.664,137 ton dan 10.300 biji dengan nilai sebesar Rp.47.589.969.341 Hasil perikanan terbesar yang diperdagangkan adalah agar-agar dengan nilai sebesar Rp. 25.630.359.375  dengan volume mencapai 2.733,905 ton kemudian Ikan Tei Biasa dengan nilai Rp. 2.792.700  dengan volume 279,27 Ton menyusul ikan teri masak dengan nilai sebesar 2.457.500 rupiah dengan volume mencapai 122,875 ton. Sedangkan nilai hasil perikanan yang terkecil yaitu ikan bobara dengan nilai 1.225 ribu rupiah dengan volume mencapai 0,49 ton

Sedangkan volume perdagangan dari hasil perkebunan pada tahun 2009 mencapai 7.474,882 ton dengan nilai 46.309.663.964 rupiah, komoditas hasil perkebunan yang paling menonjol pada tahun2009 adalah kopra dan mete gelondongan yang mencapai masing-masing 5.179,444 ton dan 1.430,145 ton,dengan masing - masing nilai sebesar 17.869.081.800 dan 11.097.925.200, Sementara itu, komoditi tanaman dengan nilai perdagangan terkecil yaitu asam dengan volume mencapai 0,4 ton dengan nilai 4.800.000 rupiah.

Secara umum perdagangan di wilayah Kota Baubau sampai dengan tahun 2009 sudah mencakup seluruh jenis dan tingkatan dengan pola sebaran yang hampir mencakup seluruh wilayah desa/kelurahan. Jenis fasilitas perdagangan skala pelayanan lingkungan yaitu warung/kios sudah mencakup seluruh wilayah desa/kelurahan di wilayah Kota Baubau. Untuk fasilitas perdagangan skala kota dan regional hanya terdapat 4 unit pasar umum dan 1 unit plaza. Fasilitas perdagangan lainnya yang menunjang kegiatan perdagangan maupun perekonomian di wilayah Kota Baubau yaitu rumah makan yang seluruhnya berjumlah 84 unit dan pasar tradisional sebanyak 10 unit.

Volume Bongkar Muat Peti Kemas di Pelabuhan Murhum Tahun 2007 :

Sumber Data : Dishub Kota Baubau (2008), diolah.

Jumlah kapal, arus bongkar muat dan aliran penumpang di Pelabuhan Jembatan Batu walaupun volumenya tidak sebesar di Pelabuhan Murhum, juga memberikan kontribusi yang cukup besar. Pelabuhan jembatan batu merupakan pelabuhan rakyat yang dikelola oleh pemerintah kota, saat ini juga memberikan kontribusi pada keberlangsungan perekonomian kota. Pada tahun 2007 volume muat barang pada pelabuhan jembatan batu sebesar 4.697 Ton dan volume bongkar barang sebesar 5.068 Ton. Pelabuhan jembatan batu melayani kapal barang dan penumpang antar pulau di wilayah kepulauan Sulawesi Tenggara diantaranya Kasipute, Kabaena, Talaga, Poleang (Kab. Bombana), Ereke (Kab. Buton Utara), Gu, Lakudo, Mawasangka, Kadatua, Soimpu (Kab. Buton), Wanci, Binongko, Kaledupa (Kab. Wakatobi) dan wilayah kepulauan disekitarnya yang mana Kota Baubau menjadi pusat akumulasi barang-barang antar pulau yang dihasilkan dari wilayah belakangnya (hinterland) untuk kemudian di distribusikan kembali dan begitu pula sebaliknya.