Setelah kota Baubau dinyatakan sebagai daerah otonom pada 17 Oktober 2001, pemerintah pusat melalui Gubernur Sulawesi Tenggara Drs. H Laode Kaimuddin melakukan persiapan untuk memilih wali kota yang defenitif. Amirul yang jauh sebelumnya pernah bertugas di daerah ini sebagai Camat Betoambari (1986-1993), berniat untuk ikut dalam pemilihan wali kota dan bertekad memenangkannya.

Ia terpanggil untuk "bertarung" memperebutkan jabatan wali kota sebab ingin memajukan kota Baubau. Keyakinan bahwa ia mampu melaksanakan hal tersebut jika mendapat amanah sebagai Wali kota Baubau, didasari pengalamannya selama sekitar tujuh tahun menjadi camat di daerah ini. Sehingga Amirul sudah tahu persis potensi yang ada dan punya kiat-kiat khusus untuk mengembangkannya.

‘"Sejak pertama kali saya mencalonkan diri dalam Pilkada Wali kota Baubau, saya optimis akan menang. Saya yakin Allah SWT mempunyai rencana untuk saya. Saya selalu berdoa, memohon petunjuk agar Allah SWT memberikan terbaik kepada saya. Alhamdulillah doa saya dikabulkan-Nya. Saya bersyukur atas hal tersebut. Kemenangan itu membuat saya lebih sungguh-sungguh dalam bekerja dan berkarya. Saya ingin menunjukkan kepada rakyat Baubau bahwa saya serius sebagai pemimpin mereka,"" kata Amirul. Keseriusan itu ditunjukkan dengan melakukan persiapan sebaik mungkin. Visi dan Misi disusun, untuk disampaikan di depan seluruh anggota DPRD kota Baubau yang jumlahnya 25 orang.

Visi yang disampaikan Amirul pada Pilkada pertama Kota Baubau untuk periode 2003-2008 adalah: Terwujudnya Kota Baubau Sebagai Pintu Gerbang Ekonomi dan Parawisata di Sulawesi Tenggara dengan didukung oleh tersedianya sarana dan prasarana kota yang memadai serta adanya kehidupan masyarakat modern dengan tetap berlandaskan pada adat dan budaya lokal". Sedangkan Misinya sebagai berikut:

1. Misi Peningkatan Sarana Prasarana dan Pengembangan Kota Berbasis Water Front City.
2. Misi Peningkatan Perekonomian dan Pemberdayaan Masyarakat.
3. Misi Peningkatan Kualitas Sumber Daya Manusia.
4. Misi Peningkatan Pelayanan Publik
5. Misi Pengelolaan Lingkungan Hidup dan Pembangunan yang Berkelanjutan
6. Misi Pengembangan Sosial Budaya dan Pariwisata.
7. Misi Penegakan Supremasi Hukum, Politik dan Hak Azasi Manusia serta Tata Pemerintahan yang Baik.

Selain Visi dan Misi, pada 6 Januari 2003, ada hal menarik yang disampaikan Amirul di depan seluruh anggota DPRD kota Baubau yakni motto "Semerbak" untuk kota Baubau. Hal itu menunjukkan pemikiran cemerlang dan cerdas dari dirinya.

Terbukti, karena motto itu sampai sekarang masih tetap dipertahankan dan secara bertahap diupayakan untuk diwujudkan. Sehingga tidak sekedar motto tanpa makna dan arti bagi rakyat Baubau. Semerbak menurut Amirul adalah singkatan dari Sejahtera, Menawan, Ramah, Bersih, Aman dan Kenangan.

Sedikit berbicara dan banyak bekerja. Rakyat butuh bukti bukan janji. Sebagai Wali kota Baubau, Amirul sangat paham dengan tugas-tugasnya dan keinginan seluruh rakyat yang dipimpinnya. Karena itu, ia selalu berusaha untuk berbuat yang terbaik pada kota Baubau. Hasilnya selama 5 tahun pemerintahan Amirul pada periode 2003-2008, Terjadi perubahan yang sangat drastis dalam seluruh aspek kehidupan kota ini, yang antara lain ditunjukkan di bidang pengembangan Sumberdaya Manusia, Indeks Pembangunan Manusia (IPM) terus meningkat hingga mencapai 69,9 melampaui rata-rata nasional pada tahun 2006 dan Kota Baubau terpilih sebagai salah satu daerah pelaksana program nasional pemberdayaan masyarakat perkotaan terbaik di Indonesia.. Kemudian dari aspek ekonomi, Pendapatan Asli Daerah meningkat hingga 355% dari tahun 2002 ke tahun 2007, demikian pula pendapatan per kapita masyarakat Baubau.

Perubahan yang sangat signifikan lebih terasa lagi pada fisik kota, kesan kumuh, yang menjadi tipikal perkotaan, serta kesan tertinggal yang banyak mewarnai daerah-daerah di kawasan indonesia timur berhasil diubah secara total selama 5 tahun. Karakteristik kota yang kombinasi rural-urban tetap dipertahankan. Dengan mengacu pada konsep pembangunannya yang menganalogikan pembangunan Kota dengan Tubuh Manusia (secara detail dapat dilihat di page ‘pemikiran"). Hasilnya pemerintah Kota mendulang banyak penghargaan termasuk salah satunya Runner-up Kota menengah dengan Penataan Kota terbaik dari Departemen Pekerjaan Umum.

Kegemilangan Amirul Tamim dalam memimpin Kota Baubau pada periode 2003-2008 kemudian dilanjutkan dengan mengikuti pemilihan kepala daerah (Pilkada) Wali kota dan Wakil Wali kota Baubau periode 2008-2013, yang dilaksanakan pada Minggu, 4 November 2007, berpasangan dengan H. L.M. Halaka Manarfa. Pada Pilkada tersebut pasangan ini menawarkan visi: "Terwujudnya Kota Baubau sebagai Kota Budaya yang produktif dan nyaman, melalui optimalisasi sumberdaya lokal secara profesional dan amanah, menuju masyarakat sejahtera, bermartabat, dan religi". Dengan Misi:

1. Memantapkan peran dan posisi Kota Baubau sebagai simpul perdagangan dan pelayanan jasa yang berorientasi pada produktivitas.
2. Meningkatkan citra budaya lokal pada tingkat regional, nasional, dan internasional.
3. Mewujudkan sumberdaya manusia yang berkualitas dan religi
4. Meningkatkan kelancaran mobilitas internal dan eksternal wilayah, dan menciptakan kenyamanan dalam beraktivitas bagi masyarakat kota.
5. Meningkatkan kemandirian masyarakat dan partisipasi dalam pembangunan.
6. Meningkatkan kualitas dan profesionalitas sistem pelayanan publik.
7. Menegakkan supremasi hukum dan hak asasi manusia serta menciptakan iklim politik dan keamanan yang kondusif.

Hasilnya, pasangan Amirul dan Halaka yang menggunakan akrnonim  AMIRULHAK pada pilkada tersebut menang mutlak. Mereka memperoleh 38.429 suara (60,7%) dari suara yang sah sebanyak 63.283 suara. Mengalahkan dua saingannya yakni pasangan Syamsu Umar Abdul Samiun-Agus Feisal Sjafei Kahar dan La Ode Ruslimin Mahdi-Mufrina Mufti. Kemenangan mutlak tersebut sebagai bukti bahwa rakyat Baubau merasakan dan mengakui kepemimpinan Amirul selama lima tahun sebagai Wali kota Baubau. Sehingga mereka ingin Amirul melanjutkan kepemimpinannya untuk meneruskan pembangunan kota Baubau yang belum selesai dilaksanakan.

Salah satu yang menarik pada Pilkada ini adalah Amirul yang memilih Halaka sebagai pasangannya. Padahal, lima tahun sebelumnya, Halaka yang ikut maju sebagai calon Wali kota Baubau adalah salah satu saingan Amirul.

"Ketika lima tahun lalu, Pak Halaka memang menjadi salah satu saingan saya. Namun, seiring dengan perjalanan waktu, saya melihat, menilai dan merasakan bahwa Pak Halaka memiliki niat yang sama dengan saya yakni sama-sama ingin membangun dan memajukan Baubau. Sehingga akhirnya saya putuskan untuk bersinergi dengan beliau. Saya optimis, kami berdua atas dukungan seluruh rakyat Baubau dan semua aparatur pemerintah, dapat membangun Baubau agar lebih maju lagi," ujar Amirul menunjukkan optimismenya.

Keputusan Amirul memilih Halaka sebagai pasangannya, juga menunjukkan bahwa sebagai pemimpin, ia selalu berjiwa besar. Sama sekali tidak ada rasa dendam dalam dirinya. Ia selalu berpikir positif dan tidak terjebak pada pemikiran-pemikiran masa lalu yang kurang positif. Obsesinya adalah berbuat lebih baik lagi untuk kemajuan kota Baubau.

Terhadap kepercayaan yang kembali diterimanya dari rakyat, Amirul menyikapi jabatannya itu sebagai amanah yang harus dilaksanakan sebaik-baiknya. Menurutnya, konsepnya adalah manusia adalah kafilah di muka bumi ini. Tugasnya adalah memperbaiki dan berbuat lebih baik dari kemarin sehingga mendapatkan untung. Jika yang dibuat hari ini sama dengan kemarin, itu namanya rugi. Kalau hari ini lebih buruk dari kemarin, namanya celaka.

"Saya tidak mau menjadi orang yang rugi dan celaka. Saya ingin mendapatkan untung. Sehingga yang saya lakukan adalah terus-menerus berbuat yang terbaik, agar hari ini lebih baik dari kemarin. Besok lebih baik lagi dari hari ini. Seorang pemimpin mempunyai tanggung jawab untuk melakukan perubahan yang lebih baik," tegasnya.

Semua upaya yang dilakukannya itu, terkait erat dengan filosofi hidupnya yang menurutnya sederhana namun penuh makna yakni semua yang saya lakukan memberikan arti bahkan kebahagiaan bagi orang lain. Sepanjang tidak mengganggu orang lain, saya akan terus melaksanakan semua hal yang menurut saya baik buat diri saya dan orang lain. Terpenting, orang yang diberi amanah untuk melakukan itu, mau berpikir kreatif dan inovatif serta belajar dari daerah-daerah lain yang memiliki karakteristik sama dengan daerahnya," ungkap Amirul.         

Amirul merasa terpanggil untuk kembali mengabdi kepada rakyat Baubau, sebab masih ada tugas-tugas yang belum terselesaikan selama ini lima tahun menjadi Wali kota. Harapannya, lima tahun ke depan, semua tugas itu dapat dituntaskan dan Kota Baubau semakin mendekati apa yang diidamkan masyarakat Kota ini dalam Visi jangka panjang, yakni: "Terwujudnya Kota Baubau Sebagai Pusat Perdagangan dan Pelayanan Jasa Yang Nyaman, Maju, Sejahtera dan Berbudaya pada Tahun 2023"